Авто-торговлю часто путают с алгоритмическим трейдингом, хотя их цели кардинально разные. Алгоритмическая торговля не ставит целью получить прибыль. Её цель — уменьшить стоимость исполнения крупной заявки (transaction cost), минимизировать её влияние на рынок (market impact) и уменьшить риск её неисполнения.

Термин "алгоритмическая торговля" часто ошибочно используется в тех случаях, когда речь идёт об автоматизированных торговых системах. Перед такими системами действительно ставится цель получить прибыль. Они также известны под названием "торговых роботов" ("black box trading"), в которых торговые стратегии строятся на базе сложных математических формул и быстрой обработки данных.

Самым важным камнем в авто-трейдинге как и в ручной торговле остается мани-менеджмент, только это будет решать сможете ли вы заработать или нет.

Одним из первых определение механической торговой системы дал в 1992 году Н. Дж. Бальсара, а вслед за ним в 1997 году Тушар Чанд (Tushar S. Chande) в своей книге Beyond Technical Analysis. Одним из самых крупных фондов, пользующихся механической торговой системой, является Renaissance Technologies, основанный Джеймсом Саймонсом, активы которого приближаются к 100 млрд долларов.

Авто-торговля это не обязательно торговый робот. В случае реализации механической системы в виде робота уровень автоматизации может быть разным — от помощи трейдеру в принятии решений, до автономного выставления и снятия заявок на бирже с применением методов алгоритмической торговли. Также возможно выполнение программой дополнительных функций — контроль выставленных заявок, мониторинг сделок, анализ торговли с предоставлением графиков и отчетов.